Frequently Asked Questions and answers on

educhan, TSAS and LABPACK etc.


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Last Update: 990619

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一般的な質問

Q0. educhan, TSAS, LABPACKとはなに?
Q1. educhan上のテキストファイル(メールやソースコード)や画像を 印刷したい。
Q2. X端末上でグラフを書きたい。
Q3. SASが使えるような環境にしてほしい。
Q4. インターネット上で文献検索をしたい。
Q5. MEDLINEの検索結果をファイルに保存したい。
Q6. TeX(LaTeX)を使ってみたい。
Q7. educhan上で保存したファイルをパソコンで使いたい。
Q8. postscriptファイルを見てみたい。
Q9. 同じコマンドを繰り返して実行したい。
Q10. 以前読んだメールを、ファイル名を指定して保存したい。
Q11. X-window上でのコピー&ペーストの方法について
Q12. ファイルの一部分だけを書き換えたりピックアップしたい。
Q13. 他人のアカウント名を知りたい。
Q14. 複数の人宛にメールを送りたい。
Q15. Nifty-serveに接続したい。
Q16.

Q0.educhan, TSAS, LABPACKとはなに?


educhan

educhanは教育学研究科が所有するUNIXワークステーションです。 educhanはUTnetという学内LANを介してインターネットに接続 しています。教育学研究科の教職員・大学院生は、educhan上に アカウントを持つことにより、電子メールやFTPの利用、ニュース購読、 WWWによる情報検索・発信を行うことができます。またeduchanの 強力な計算処理能力を使って、科学技術計算を高速に実行することも できます。

TSAS

TSASとはTime Series Statistical Analysis Systemの略称で、 循環・呼吸生理の時系列データ解析のために作られたプログラム集です。 機能は非常に多岐にわたり、例えば心拍変動のスペクトル解析と 心自律神経活動の評価、心拍−血圧の相互作用の評価、フラクタル次元や ポアンカレ断面の計算といった非線形力学の手法による分析、グラフ描画 などを行うことができます。
TSASにはUNIX版とPC/AT互換機版、NEC PC-9800版があり、いずれも
anonymous ftpによりインターネットを経由して手に入れることができます。 最新バージョンは、3.01.01.bです。

LABPACK

LABPACKとは、 以上三点を1台のPC上で並行して行うことができる、時系列データ 測定プログラムです。測定されたデータはテキスト形式で保存されるので、 DOS, Windows, Mac, UNIX等あらゆるOS上で処理・分析できます。 Labpackは、循環生理(BEAT.EXE)、呼吸生理(BREATH.EXE)、神経生理 (REFLEX.EXE)、汎用データ取得(COLLECT.EXE)、機器制御(CONTROL.EXE)、 脳波解析(AROUSE.EXE)といった範疇別の6つのプログラム群から 構成されています。ユーザーは、実験の目的に応じてソフトウェア、 ハードウェアを選択・セットアップし、プロトコルを組むことができます。
LabpackにはPC/AT互換機版、NEC PC-9800版があり、いずれも anonymous ftpによりインターネットを経由して手に入れることができます。
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Q1.educhan上のテキストファイル(メールやソースコード)や画像を 印刷したい。


97.10.07現在、体育科学研究室が所有するネットワークプリンタは、2台あります。 いずれもPostscript対応で、それぞれ bass, octopus という名前がついています。 これらのプリンタを使って印刷するためには、テキスト(や画像)ファイルを Postscript形式に変換することが必要です。

1.テキストをpostscript形式に変換する

a2psというプログラムを使います。a2psは、 本体(テキスト、perlスクリプト)とヘッダ(テキスト)の2部構成です。psasの hidakaというディレクトリに置いてあります。
a2ps 入力ファイル > 出力ファイル
という形で使います。

2.画像の場合には...

UNIX上の描画ソフト(tgifやgnuplotなど)を使うと、educhan上でPostscript 形式の画像を作ることができます。 MacやWindowsのソフトで描く場合には、 ソフトが持つPostscriptエクスポート機能を使ったり、プリンタドライバの オプション指定により、Postscriptファイルを作ります。できたファイルを ftp で 各自のアカウントあてに送って下さい。ファイルの種類は、 binary ではなく ascii です。

3. Postscriptファイルの出来栄えを見る

Ghostscriptという、Postscriptビューアを使います。
    gs ポストスクリプトファイル名

4. Postscriptファイルをプリンタに送る

lpコマンドを使います。その際、送りたいプリンタを-dオプションで 指定して下さい。
  lp -d octopus ポストスクリプトファイル名 
  lp -d bass ポストスクリプトファイル名
bass では、従来通り ftp でファイルを送っても印刷できます。
    ftp bass
と入力します。anonymous-FTPとは違い、ログイン名やパスワードは 必要ありません。
 Connected to bass.
 220-JC-CONNECT PowerPrint M-2000 Version 1.00
 220-Copyright (C) 1995 ACCESS CO.,LTD. 
 220 Copyright (C) 1995 Japan Computer Industry Inc.
 Name (bass:hidaka):                  <-- 何も入力せずに 
 230 USER hidaka logged in.リターンのみ。 
 ftp> cd lp_p1                        <-- 必ずこのディレクトリ
 250 CWD command successful. に変更。
 ftp> put ファイル名                  <--
 200 PORT command successful. 
 150 ASCII data connection established. 
 226 Transfer complete. 
 local: akay.ps remote: akay.ps 
 8730 bytes sent in 0.032 seconds (2.7e+02 Kbytes/s)
 ftp> quit                            <-- 
 221 Quit.
このようにして、プリンタにファイルを送って印刷します。
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Q2.X端末上でグラフを書きたい。


X端末上で使えるグラフ作成ソフトには、gle, TSASのdgraph, sasのグラフ、gnuplot などがあります。私はgnuplotを使うことが多いので、以下に簡単に紹介します。

X-Yグラフ


例として、TSASのftspecが出力したスペクトル(CGSA)のファイルをグラフ化する方法を 考えてみます。
ftspecの出力ファイル(sample.datとします)は、このようなフォーマットになっています。
Ndata =550
Xmean = 1086.10913
Xs.d. = 47.67794
 Freq       Sxx      S2.0      |Sxx'|     S0.5     CGSxx
 0.00000 283.92383   0.00003 283.92383   0.00002   0.00000
 0.00719  67.29022 161.01050  67.29022 109.46802   0.00000
 0.01439  99.25716 119.27703  99.25716 133.95329   0.00000
 0.02158 107.26489 113.39518  92.25481  75.05566  15.01009
 0.02877  58.15707 117.13137  58.15707  55.42382   0.00000
    :        :         :         :          :        : 
最初の4行がデータでなくヘッダであることをgnuplotに教えるには、最初の 4行のみ、行頭に#をつける必要があります。vi で編集してもよいのですが、 大量のファイルを一度に処理するためには、awkを使います。
まず、awkのスクリプトファイル(header.awk)を作ります。
{
if(NR <= 4){ printf("#%s\n", $0) } 
else { print $0 }
}
educhanのプロンプトから、
gawk -f header.awk sample.dat > sample2.dat
と入力すると、#をつけたものが別名のファイルで保存されます。
次に、gnuplotを起動し(A)、以下のように入力して、1列目をX、6列目をY とし、各点を線でつないで描画するよう指示します(B)。
<tkweb@educhan:293>$ gnuplot

G N U P L O T
unix version 3.5
patchlevel 3.50.1.17, 27 Aug 93
last modified Fri Aug 27 05:21:33 GMT 1993

Copyright(C) 1986 - 1993 Thomas Williams, Colin Kelley

Send comments and requests for help to info-gnuplot@dartmouth.edu
Send bugs, suggestions and mods to bug-gnuplot@dartmouth.edu
gnuplot> plot "sample2.dat" using 1:6 with lines
gnuplot
すると、このように描画されます。 画像をPostscript形式で保存したい場合には、gnuplotにもどって、
gnuplot> set terminal postscript
Terminal type set to 'postscript'
Options are 'landscape monochrome dashed "Helvetica" 14'
gnuplot> set output "sample.ps"
gnuplot> plot "sample2.dat" using 1:6 with lines
とします。終了するには、quit と入力します。

X-Y-Zグラフ


今度は、TSASのwvdistが出力したファイルをグラフ化する方法を考えてみます。
wvdistの出力ファイル(sample.datとします)は、このようなフォーマットになっています。
Ndata =        731
Xmean =  821.12994  Ymean =  120.43776
Xs.d. =   31.05704  Ys.d. =    5.84055
      Time        Freq         Sxy       Phase
  58.30023     0.00000   772.35907     2.53821
  58.30023     0.00951   869.93903     1.72086
  58.30023     0.01903   608.97809     0.83454
  58.30023     0.02854   293.71045     0.61633
  58.30023     0.03806   199.28731     0.36296
    :        :         :         :          :        : 
  58.30023     0.58989   242.67116    -2.86146
  58.30023     0.59940   468.79257    -0.00136
  59.12136     0.00000   833.32263     2.57939
  59.12136     0.00951   946.70050     1.75705
  59.12136     0.01903   684.94086     0.85450

gnuplotで3Dグラフを書くためには、入力ファイルの形式が、
  time1      x11      y11
  time1      x12      y12
  time1      x13      y13

  time2      x21      y21
  time2      x22      y22
  time2      x23      y23

  time3      x31      y31
  time3      x32      y32
  time3      x33      y33
のように、time1, time2, time3の間に空行がなければなりません。 この用に整形するためのawkスクリプトは、以下のようになります。
{
  if (NR == 5){
        time = $1
        print $0
  }
  if (NR > 5){
        if ($1 == time){
                print $0 }
        if ($1 != time){
                time = $1
                printf("\n")
                print $0 }
  }
}
次にgnuplotを起動して、さまざまなオプションを設定した後に、 splotコマンドで3D描画しなければならないのですが、これを ひとつのファイル(test.plt)に記述して済ませることができます。
set hidden
set ticslevel 0.5
set view 30, 120
set autoscale
set logscale z
set parametric
set xlabel " Time (sec) "
set ylabel " Frequency (Hz) "
set data style lines
set title "Wigner-Ville Distribution"
splot "sample2.wvd"
pause -1
最後の行の"pause -1"は、「リターンキーを押すまで画像を表示する」 という意味です(このままだと描画後すぐに終了してしまうので)。
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Q3.SASが使えるような環境にしてほしい。


ウィンドウにsasと入力した時、
ksh: sas:not found
と表示される場合には、環境設定ファイル.kshrcの中で、 環境変数PATHを変更する必要があります。.kshrcの 編集には、viなどのテキストエディタを使います。
tkwebの.kshrcでは、以下のように設定されていました。
PATH=.:/usr/bin:/usr/ucb:/usr/5bin:/opt/NeWSprint/bin:/usr/ccs/bin
これを、
PATH=.:/usr/bin:/usr/ucb:/usr/5bin:/opt/NeWSprint/bin:/usr/ccs/bin:/usr/local/bin/sas609
のように変更すると、sasを起動することができるようになります。
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Q4.インターネット上で文献検索をしたい。


インターネット上には、さまざまな情報のリソースが存在します。身体教育学に 関する文献を検索するには、以下のようなデータベースを利用すると便利です。

注:以下のURLは、ユーザー側へ連絡なしに変更されることが多々あります。 その場合には、東京大学東京大学付属図書館、 各部局のホームページから新しいURLを検索して下さい。

OPAC
書籍・雑誌が東大のどこに所蔵されているかを検索。"library"
NACSIS Webcat 総合目録データベース WWW検索サービス(学術情報センター)
全国的な大学図書館の総合目録です。所蔵する大学図書館を検索することができます。図書 :主に1986年以降の和書・洋書が中心ですが、古い図書のデータも増えています。雑誌 :全国の大学図書館・研究機関等が所蔵するほとんどの和洋雑誌を検索できます。
継続雑誌所在目録(欧文編1995年版)(医学部)
全学の外国雑誌受入先を検索できます。
CAPCAS
Elsevier社発行の学術雑誌の書誌・目次・抄録データベース。(学内のみ)
SCI/SSCI
自然科学/社会科学引用文献索引"library"
Current Contents
学術雑誌目次速報雑誌 Current Contentsの電子版。学術雑誌最新号に掲載された論文を検索。
東京大学学位論文論題データベース
教育学博士は1995分まで収録。
MEDLINE/CINAHL/CBC)
医学系/看護系雑誌論文抄録/Biomedical系雑誌全文データベース。"meta"
COMPENDEX Plus
工学系論文索引抄録。"cllib"
BA/BA RRM/AGRICOLA
生物・生命科学系雑誌論文/論文以外/農学全般。"aglib"
それぞれ、検索方法などが違います。また、東大外からはアクセスできない (例えば自宅からプロバイダー経由で接続した場合など)サイトもあります。
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Q5.MEDLINEの検索結果をファイルに保存したい。


以前(1993年頃?)のMEDLINEは、ネットワークに解放されているのは
telnet版 だけで、検索結果をリモートのコンピュータに保存するには、 telnetクライアントソフトのログ保存機能を使わなければなりませんでした。 しかし現在では、 WWWブラウザ専用の検索ソフト を使った接続により、 検索結果を簡便に保存することができるようになりました。 専用ソフトは、医学図書館ホームページから ダウンロードできます。ただし、東大内以外から アクセス・検索することはできません。
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Q6.TeX(LaTeX)を使ってみたい。


TeX(LaTeX)とは、UNIXワークステーションでよく使われる、組版ソフト です。(DOS版、WINDOWS版、Mac版もあります。)
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Q7.educhan上で保存したファイルをパソコンで使いたい。


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Q8.postscriptファイルを見てみたい。


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Q9.同じコマンドを繰り返して実行したい。


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Q10.以前読んだメールを、ファイル名を指定して保存したい。


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Q11.X-window上でのコピー&ペーストの方法について


左ボタンで範囲指定し、貼り付けたいところにマウスポインタを移動して、 右ボタンを押すと、指定部分が貼り付けられます。
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Q12.ファイルの一部分だけを書き換えたりピックアップしたい。


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Q13.他人のアカウント名を知りたい。


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Q14.複数の人宛にメールを送りたい。


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Q15.Nifty-serveに接続したい。


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Q16.


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